（一）辦公室
    組織協調機關日常運轉，負責重要會議的組織，重要文件的起草；負責文秘、值班、政務信息、辦公自動化、機要、保密、信訪、檔案、目標管理、督辦工作；歸口管理接待、后勤服務工作；負責史志、年鑒及內部刊物的編發工作；負責機關和所屬單位干部人事、勞動工資、機構編制工作；負責機關離退休人員管理工作，指導所屬單位離退休人員管理工作；協調黨組織抓好基層黨組織建設、班子建設和黨員管理、教育工作；負責所屬單位知識分子和專業技術人員的管理工作；負責智力引進、對外勞務合作和外事工作；負責交通系統職業培訓、職業資格工作，組織開展職業教育、繼續教育、技能培訓和崗位培訓；負責交通行業的宣傳工作；負責交通行業精神文明建設工作；負責交通系統干部理論學習和行業職工思想教育工作；負責交通系統共青團工作；負責機關和所屬單位綜合治理及衛生工作；配合抓好交通系統的黨風廉政建設，協助查處黨員、干部的違紀案件；配合有關部門糾正行業不正之風。 

    （二）綜合規劃科（掛行政審批服務科牌子）
    組織和平衡全縣交通規劃、計劃的編制并監督實施；擬訂綜合交通規劃和綜合交通建設規劃及其子規劃；組織擬訂和綜合平衡交通行業中長期規劃、年度計劃和投資計劃，提出有關專項資金投資政策和資金安排建議并監督實施；負責交通重點項目建設的前期工作和后期評估工作，審批和核準交通固定資產投資項目；負責交通扶貧工作；負責融資和利用外資，參與組織對外經濟技術合作與交流工作；負責碼頭和港航建設使用岸線的布局規劃；承擔交通行業統計、預測、信息工作；研究全縣交通發展戰略和產業政策，收集交通行業發展相關信息、動態；負責交通行業改革與發展調查研究，并提出對策和建議；指導交通行業的體制改革和結構調整；負責組織并推進交通系統調查研究工作；組織實施全縣交通重大科技項目、科技合作和科技交流，組織科技成果鑒定和推廣工作；負責交通新技術、新工藝和新材料的推廣和應用，指導交通行業環境保護和節能減排工作；負責設備管理、標準和計量工作；負責交通信息化規劃、建設管理工作；負責交通項目儲備、爭取、下達、管理工作；安排下達所屬單位年度經濟指標；收集、編制、匯總、上報各種項目相關資料。
行政審批服務科承擔城編發〔12009〕18號文件規定職責；負責縣人民政府發布的行政審批服務收費具體項目的辦理。

   （三）建設管理科
    負責全縣公路建設市場監管；擬訂全縣公路、碼頭、渡口、運輸站點、樞紐站場等交通基礎設施建設、養護、運營相關政策、制度和技術標準并組織實施；組織公路建設項目的招標、投標、開工報告、竣工驗收等建設程序和管理工作，負責定額和質量監督工作；組織和指導全縣公路建設、公路養護、大中修工程和路政管理，協調治理超限超載；負責全縣交通工程項目設計并組織實施；監督和檢查在建項目的質量、安全、進度和財務管理；負責起草交通建設和管理的有關文件，負責填報建設項目和公路養護的月（季）年報，收集和整理建設項目的工程圖表、資料，做好資料的保管工作。
 
   （四）運輸安全管理科（掛交通法制辦公室、交通應急管理辦公室、交通戰備辦公室牌子）
    負責全縣公路、通航水域和城市公共交通等綜合運輸市場監管，組織指導和協調公路、通航水域、城市公交等各種運輸方式的經營工作；組織編制和監督實施交通運輸發展規劃、運力和線網布局規劃，參與擬訂物流業發展戰略和規劃，提出有關政策和標準；組織和監督實施重點物資、大宗物資、緊急客貨運輸調控和春運工作；配合有關部門研究制定運輸價格和收費標準；指導道路運輸和通航水域運輸經營資質管理；指導機動車維修、客貨運站場的管理；負責交通運輸、工程建設、公路養護、通航水域的安全生產監督管理工作，協助有關部門處理交通重大事故的調查和傷亡事故的統計分析；監督指導道路運輸管理所、港航管理處開展運輸企業安全生產監督管理工作；協調全縣交通突發公共事件的應急管理和處置，指導全縣交通行業應急預案體系與應急體制、機制建設；貫徹執行交通運輸法律、法規、規章，負責執法隊伍監督管理，負責交通行政執法指導和監督，負責行政復議，行政訴訟等法律事務，承擔機關規范性文件合法性審查工作；擬訂全縣國防交通保障計劃、保障方案和應急措施按規定擬訂和實施國防交通物資儲備計劃，調動國防交通物資，指導、監督和協調全縣國防交通。

   （五）財務審計科
    會同相關部門加強對全縣交通行業財務的管理；負責審編交通行業預決算，審編各類會計月報、年報；會同相關部門管理交通經費、專項資金計劃及安排全縣交通行業資金撥付；負責監督管理所屬單位、工程指揮部財務帳目；負責信貸、稅收、利用外資等有關財務管理工作；指導交通行業投融資工作；承擔機關和所屬單位的財務及資產監管工作；負責交通行業內審工作，擬訂內審制度，組織實施經濟責任審計、所屬事業預算執行情況審計、所屬企業單位的資產負債審計、交通專項資金審計、政府投資交通建設項目的審計工作；負責交通審計的統計工作。